Az állandó kiállítás pincebörtön-rekonstrukciójában kialakított vesztőhely mellett egy bitófát láthatunk, amelyet előbb a váci fegyházban, majd a Kozma utcai börtönben használtak kivégzésekhez. Ez a bitófa jelképesen a kommunista diktatúra valamennyi áldozatának az emlékét idézi.

Közvetlenül a II. világháborút követően megkezdődött a háborús és népellenes bűnöket elkövetők felkutatása, hazaszállítása és bíróság elé állítása. A feladat végrehajtásával a Péter Gábor vezette Államvédelmi Osztályt bízták meg. Az ÁVO (később ÁVH) a valódi bűnösök mellett elkezdte az adatgyűjtést az antikommunista irányultságú személyekre vonatkozóan is, akik már 1945-ben a kommunista párt és így a politikai rendőrség célkeresztjébe kerültek. 1946 és 1956 között összesen több mint 42 ezer elmarasztaló ítélet született az így előkészített koncepciós perekben. A végrehajtott halálos ítélete száma 485 fő. A hóhérok az 1956-os forradalom és szabadságharc leverése után sem pihentek. Nem sokkal a szabadságharc leverését követően beindult a megtorlás gépezete. 1957-től koncepciós perek keretében meghozott ítéletek alapján 228 felkelő szabadságharcost ítéltek halálra és végeztek ki. A kiugróan magas szám sok kommunista vezető számára nem volt elég, őket a diktátor Kádár később így nyugtatta: „1956 novemberében még 1600 fasisztát a másvilágra lehetett volna küldeni, decemberben már úgy nem lehetett volna küldeni, januárban még kevésbé, és minél tovább megyünk annál kevésbé. A lehetőségeink kezdetben voltak a legjobbak, később gyengültek, az erőink viszont akkor voltak a legziláltabbak.”
Az 1956-os forradalom és szabadságharc kapcsán az utolsó kivégzést 1961. augusztus 26-án hajtották végre Nickelsburg Lászlón, a Baross téri csoport parancsnokán. A kivégzéseket szimbolizáló bitófa mellett, az áldozatok fotóit is láthatjuk a múzeum épületének külső homlokzatán az Andrássy út és a Csengery utca felőli járdákról.